大量土地存在权属争议
我国农垦多建于新中国成立初期，受政策、条件等限制，普遍缺乏用地审批手续等权属来源证明资料。再加上农场面积大、范围广，与周边农民集体等用地单位没有明确的标识物进行区分，部分农场多年来经历行政区划调整、用地界线调整，实际用地现状发生变更，使得农场与周边用地单位边界存在较大争议。
一旦发生争议，周边农村集体等用地单位不配合指界、测量，致使权属认定工作搁置。地方政府多以土地纠纷来调处，出于维稳考虑，农场常常被迫让步，将农场土地确定归农民集体所有。国有土地被周边农民集体、农民个人以及非农垦单位侵占的现象频发。据河北省农垦局统计，2004年~2017年，全省2.3万亩农场土地被侵占。
确权政策不完备
当前，国有农用地有偿使用政策正在研究制定中，国有农用地在土地登记时如何明确供地方式缺乏政策依据。同时，对于国有农场依法使用的建设用地范围、职工宅基地权利归属等问题，亟须政策明确界定。
以上海市目前未确权的1.7万亩农垦土地为例，这是农场早期围垦形成的划拨土地。国有农场公司制改革前，由于没有相关用地批准文件，不能确权登记。改制后，农垦为企业性质，将土地划拨给农场企业不符合划拨用地目录要求，也无法确权发证。
发证主体不明确
按照法律政策规定，农垦国有土地使用权登记发证主体是具有独立法人的国有农场。当前，一些地方农垦体制改革没有完全到位，农垦单位身份既不是行政单位，也不是企业，导致土地无法确权。
“既不能把原农场的土地使用权证发给改革后的管理区、镇等行政组织，又不能发给个人。”据湖南省农垦局负责人介绍，2000年后,该省部分农场进行了体制改革，改制后设立了管理区，但未设立相关的国有资产经济组织。而新一轮农垦改革尚在启动中，农垦集团公司、资本经营公司等组建尚未完成，发证主体仍不能明确。
确权费用有缺口
国有农场土地面积较大，确权需要在地籍调查、测量、数据信息化等方面投入大量经费，而农垦普遍经营困难、负担较重，部分农场无法承担确权费用。
贵州省农业委员会一位负责人说，据初步测算，贵州垦区土地确权经费每亩超过100元。此标准对位于城镇附近的农场尚能承受，但对处于边远地区，耕地和茶园租金每年每亩为50元左右、荒山荒坡租金不足5元的农场来说，实在无力承担。
地方政府“不感冒”
值得注意的是，尽管受诸多客观原因制约，但从全国来看，农垦国有土地确权工作进展并不平衡，有的地区发证率达到了85%以上，有的地区发证率都还不到20%。业内人士分析，一些地方“按兵不动”有主观上的原因——农场属地市县政府对确权不重视、“不感冒”。
近年来，为满足城市发展建设用地需求，一些地方政府打起了农垦土地资源的“算盘”，农场土地非农化现象严重。特别是近郊型农垦企业土地资源集中连片，地理位置靠近城镇，具有独特的区位优势，一些土地已被划入当地各类开发区或列入城镇规划用地，政府自然不愿意甚至限制国有农场土地确权。
地方政府低价征收甚至无偿收回农场土地，用于城镇建设和工业园区建设的现象多年来屡见不鲜。仍以河北为例，据初步统计，2004年~2014年，全省农垦被属地市县政府低价征收、无偿划拨用于城市建设、工业园区建设的耕地有10.9万亩，占农垦总耕地面积的6.7%。
虽然各管理区、农场建立了以耕地总量动态平衡为主要目标的土地利用管理体制，减缓了耕地面积绝对下降的趋势，但可补充耕地后备资源有限，并不能降低耕地面积事实上逐年减少的趋势。